耐药细菌基因组测序结果分析流程ppt课件.pptx

耐药细菌基因组测序结果分析流程
Illumina测序的短读序Reads
1. 拼接Assembly
Spades
Statistics without reference
scaffolds
# contigs
93
# contigs (>= 0 bp)
151
# contigs (>= 1000 bp)
69
Largest contig
346920
Total length
5297568
Total length (>= 0 bp)
5309406
Total length (>= 1000 bp)
5280561
N50
236790
N75
102743
L50
9
L75
17
GC (%)
55.09
1. 拼接Assembly
组装后的
Scaffold
2. 注释Annotation
Prokka
产生gbk和sqn等文件
位于加拿大的www.basys.ca
2. 注释Annotation
BASys
注释基因的利器
Artimis主界面
Artemis的主要用途
1，基因注释
2，基因预测
3，基因比对ACT
4，contig ordering